Экспозиция музея объединяет несколько тематических блоков.

Первый рассказывает о семье В. Зильбера, его детстве, местах г. Пскова, связанных с именем писателя и описанных на страницах романа «Два капитана»

"Я родился в Пскове в 1902 году в семье музыкантов. Здесь прошли мои детские годы и ранняя юность"

(В.А. Каверин)

Два следующих блока посвящены прототипам главных героев - капитана Г. Татаринова и Сани Григорьева: Георгию Брусилову и Георгию Седову, и другим историческим личностям, оказавшим влияние на формирование образов главных героев.

"Для моего «старшего» капитана я воспользовался историей двух отважных завоевателей Крайнего Севера. У одного взял мужественный и открытый характер, чистоту мыслей, ясность цели, все, что отличает человека большой души. Это был Седов. У другого - фактическую историю его путешествия. Это был Брусилов. Дрейф моей «Святой Марии» совершенно повторяет дрейф брусиловской «Святой Анны»" (В. Каверин)

Многие обстоятельства жизни Сани Григорьева были взяты из биографии ученого-генетика М.Е. Лобашева.

«Это был человек, в котором горячность соединялась с прямодушием, а упорство - с удивительной определенностью цели» (В. Каверин)

Особый блок— Великая Отечественная война в жизни В.А. Каверина и в романе «Два капитана».  Уникальный экспонат этого стенда—книга летчика Гаврилова, пролежавшая в болотах Новгородской области 68 лет (В.А. Каверин «Два капитана», 1940 года издания)

На интерактивном экране представлена карта Севера. На ней «проложены» маршруты Брусилова, Седова и капитана Татаринова: проплывают шхуны отважных капитанов, делавших первые шаги к освоению Севера.

Четвертый блок рассказывает о судьбе книги после издания: жизни в искусстве (экранизациях, опере и т.д.) и истории создания памятника литературным героям.

Отдельное место в этом блоке отведено классическому мюзиклу «Норд-Ост», поставленному А. Иващенко и Г. Васильевым по мотивам романа «Два капитана». Беседа об истории и трагедии мюзикла помогает приблизить роман, написанный более 80 лет назад, к сегодняшнему дню.

Благодаря родственникам В.А. Каверина в нашем музее появились новые экспонаты, связанные со знаменитым братом писателя—Львом Зильбером, советским микробиологом, вирусологом, иммунологом, эпидемиологом, онкологом, создателем cоветской школы медицинской вирусологии. 

Последний тематический блок - это комната литературно-патриотического клуба «Два капитана». Здесь представлены наиболее интересные подарки друзей клуба. Экспонаты этой комнаты позволяют узнать о современной российской авиации и военно-морском флоте.

Музей рассчитан на разные возрастные группы. Те, кто помладше, обратят внимание на модели шхуны и лопасть винта самолета, корабельный компас и глобус звездного неба.

Экскурсанты постарше узнают о семье В.А. Каверина, увидят его мемориальные вещи.